Guillermo del Toro urodził się 9 października 1964 roku w Guadalajarze, w meksykańskim stanie Jalisco. Wychowywała go babka, ultrakonserwatywna katoliczka. Już w dzieciństwie bardzo interesował się kinem, a w szczególności filmami fantasy i gotyckimi horrorami. Największe wrażenie zrobiły na nim Wichrowe wzgórza Williama Wylera, Taksówkarz Martina Scorsese, Czarna niedziela Mario Bavy, Noc żywych trupów George’a A. Romero i klasyczne horrory z wytwórni Hammer kręcone w latach 60-tych ubiegłego wieku. W wieku 8 lat del Toro zaczął kręcić pierwsze krótkie filmy na taśmie Super 8. Chodził wtedy do szkoły prowadzonej przez jezuitów i marzył o zawodzie reżysera.
Swoją karierę filmową młody del Toro rozpoczął jednak od pracy przy efektach specjalnych. Przeniósł się do Stanów Zjednoczonych, gdzie uczęszczał na kursy charakteryzacji prowadzone przez legendarnego Dicka Smitha, odpowiedzialnego za efekty specjalne w takich filmowych klasykach jak Egzorcysta, Scanners oraz Zagadka nieśmiertelności Tony’ego Scotta z Davidem Bowie i Catherine Deneuve w rolach głównych.
W 1986 roku filmowiec powrócił do ojczyzny. Pomimo młodego wieku - del Toro miał wtedy zaledwie 21 lat - został producentem filmu Dona Herlinda and Her Son Jaime Humberto Hermosillo, jednego z najbardziej cenionych meksykańskich reżyserów ostatniego dwudziestolecia. W tym samym czasie założył własną firmę Necropia, która zajmowała się efektami specjalnymi. Dzięki temu del Toro brał udział w realizacji ponad 20 filmów fabularnych, między innymi Bandidos, Coitas i Mentiras Piadosas oraz telewizyjnego serialu Hora Marcada, meksykańskiej wersji Opowieści z krypty. Wtedy też rozpoczął wygłaszanie wykładów o kinie i rozwijał karierę dziennikarską, pisząc między innymi do prestiżowych magazynów Sight & Sound i Village Voice. Znalazł również czas na napisanie książki o filmach Alfreda Hitchcocka, jednego ze swoich ulubionych reżyserów.
W 1992 roku, po latach pracy dla meksykańskiej telewizji, del Toro zdołał zgromadzić fundusze na realizację debiutanckiego filmu fabularnego zatytułowanego Cronos. Ta współczesna adaptacja mitu o wampirze została bardzo wysoko oceniona przez krytyków na całym świecie i zdobyła liczne nagrody międzynarodowe, w tym krytyków filmowych na festiwalu w Cannes oraz meksykańskiego Oscara.
Film Cronos, który już wówczas wyróżniał się wśród podobnych mu produkcji, na stałe określił wyrazisty i unikalny styl del Toro zarówno jeśli chodzi o sposób narracji, jak i o reżyserię. Zapoczątkował także współpracę reżysera z aktorem Ronem Perlmanem, który zagrał w kolejnych filmach del Toro Blade - Wieczny łowca 2 oraz Hellboy.
Uznanie, jakie wśród krytyków wzbudził Cronos, zdecydowanie pomogło reżyserowi w karierze. Pięć lat po debiucie del Toro wyreżyserował swój pierwszy film w Hollywood. Był to zrealizowany przez Miramax Mutant, w którym Mira Sorvino walczyła z inwazją zmutowanych, człekokształtnych karaluchów. Dla Guillermo del Toro, któremu nie najlepiej współpracowało się z amerykańską wytwórnią, nie było to udane doświadczenie. Niemniej jednak dało mu ono okazję do uczenia się na własnych błędach. Reżyser powrócił do Meksyku i założył firmę producencką Tequila Gang, co umożliwiło mu sprawowanie większej kontroli nad realizacją swoich filmów.
Wkrótce potem bracia Almodóvar, doceniając niezwykły talent del Toro, zaproponowali mu wyreżyserowanie niskobudżetowego horroru w Hiszpanii. Sfrustrowany swoimi amerykańskimi doświadczeniami reżyser zgodził się bez wahania i korzystając z okazji zrobił bardzo osobisty film zatytułowany Kręgosłup diabła. Był to projekt, o którego realizacji myślał od 15 lat, jeszcze przed debiutanckim Cronosem. Pod płaszczykiem historii o duchach del Toro zrealizował bardzo ludzką opowieść o dzieciach zmagających się z realiami wojny. Podobnie jak Cronos, film Kręgosłup diabła został wyróżniony licznymi nagrodami.
Rok później pogodzony już z Hollywood del Toro zgodził się na wyreżyserowanie sequela filmu Stephena Norringtona z Wesleyem Snipesem w roli głównej, będącego adaptacją komiksu słynnego wydawnictwa Marvel. Blade - Wieczny łowca 2 odniósł błyskawiczny i niespodziewany sukces, który zaskoczył nawet wytwórnię filmową New Line Cinema. Sukces ten umożliwił reżyserowi realizację kolejnej adaptacji komiksu - tym razem Hellboy’a Mike’a Mignoli - o której twórca myślał od ponad siedmiu lat. Film ten jest powszechnie uznawany za jedną z najwspanialszych adaptacji komiksu w historii kina. Aby go zrealizować, del Toro odrzucił oferty reżyserowania filmów Blade: Mroczna trójca oraz Harry Potter i więzień Azkabanu. Ten ostatni został ostatecznie zrealizowany przez Alfonso Cuaróna, którego Guillermo czule nazywa „compadre” („kumpel”) i z którym współpracował wcześniej przy produkcji Kręgosłupa diabła oraz filmu Crónicas Sebastiana Cordero. Pokazywany na konkursie festiwalu filmowego w Cannes Labirynt Fauna jest więc już trzecim wspólnym dziełem tych dwóch twórców. Del Toro powrócił też po pięciu latach do Hiszpanii, gdzie realizował wcześniej Kręgosłup diabła. Całkowicie oryginalny pomysł na Labirynt Fauna dojrzewał w głowie reżysera przez ponad 20 lat i jest to najbardziej osobisty, najbardziej udany, najbardziej emocjonalny i najbardziej przystępny dla widzów film tego twórcy. To niezwykle złożone arcydzieło, unikalne we współczesnym kinie.
Del Toro pracuje obecnie nad sequelem Hellboya wspólnie z twórcą komiksu, Mikem Mignolą. Film zostanie realizowany przez wytwórnię Columbia, a tytułową rolę ponownie zagra Ron Perlman. Równocześnie reżyser pracuje nad drugim projektem, którym jest adaptacja powieści H.P. Lovecrafta W górach szaleństwa. Będzie to kolejny bardzo osobisty film del Toro, o którego realizacji reżyser myślał od kilku lat.